Nästan alla naturområden i Helsingfors är viktiga fladdermusområden. Fladdermössen (Chiroptera) tycker om gamla byggnader, gamla ihåliga träd, dammar och vikar som ligger i lä samt glesa skogar med gläntor.
I Helsingfors finns fem vanliga fladdermusarter. Nordfladdermusen (Eptesicus nilssonii) är den vanligaste av fladdermössen. Brunlångörat (Plecotus auritus) känns igen på sina stora öron. Mustaschfladdermusen och taigafladdermusen (Myotis mystacinus och M. brandtii) är två arter som man lyckades skilja mellan först på 1960-talet. Vattenfladdermusen (Myotis daubentonii) jagar oftast över vatten.
Fladdermöss kan studeras med hjälp av fladdermusdetektorer, som spelar in, definierar och omvandlar deras läten så att människan kan höra dem. Fladdermöss fångas också med fladdermusfällor i forskningssyfte och ringmärks precis som fåglar.
En augustinatt på Skanslandet år 2016 hittade forskaren Eeva-Maria Kyheröinen ett tjugotal fladdermöss att studera: nordfladdermöss, brunlångöron, mustaschfladdermöss och taigafladdermöss. I de gamla befästningarna på Skanslandet har man hittat tiotals kolonier av övervintrande mustaschfladdermöss.
Många fladdermöss flyttar över havet till varmare trakter, precis som en del fåglar. Flyttningsrörelserna studeras med detektorer.