Lähes kaikki Helsingin luontoalueet ovat tärkeitä lepakkoalueita. Lepakot (Chiroptera) suosivat vanhoja rakennuksia, vanhoja onttoja puita, tuulensuojaisia lampia ja lahdelmia sekä harvaa metsää, jossa on aukioita.
Helsingissä tavallisia lepakkolajeja on viisi. Pohjanlepakko (Eptesicus nilssonii) on lepakoista kaikkein yleisin. Korvayökön (Plecotus auritus) erottaa muista lajeista suurista korvistaan. Viiksi- ja isoviiksisiippa (Myotis mystacinus ja M. brandtii) ovat lajipari, joka osattiin erottaa vasta 1960-luvulla. Vesisiippa (Myotis daubentonii) saalistaa yleensä veden yllä.
Lepakoita voi havainnoida lepakkodetektoreilla, jotka tallentavat, määrittävät ja muuttavat niiden ääniä ihmiskorvin kuultavaksi. Lepakoita myös otetaan kiinni lepakkorysillä tutkittavaksi, ja niitä rengastetaan kuin lintuja.
Vallisaaressa elokuun yönä 2016 tutkija Eeva-Maria Kyheröinen sai tutkittavaksi parikymmentä lepakkoa: pohjanlepakoita, korvayökköjä, viiksi- ja isoviiksiippoja. Vallisaaren linnoitusluolista on löydetty kymmenien viiksisiippojen talvehtimiskolonioita.
Useat lepakot muuttavat, ja siirtyvät meren yli Suomesta lauhkeammille seuduille kuin linnut. Muuttoa tutkitaan detektoreilla.