Pikalt avalikkusele suletud, kirju militaarajalooga Paljassaare poolsaarest on saanud liigirikas hoiuala. Osa Paljassaare linnualast on arvatud ka Natura 2000 võrgustikku. Tänu mosaiiksele maastikule meelitab Paljassaare heade pesituspaikadega hulgaliselt linnuliike, mis teeb poolsaarest Tallinna parima linnuvaatluspaiga.

Veel sajand tagasi asusid tänase Paljassaare asemel väiksed Karli saared. Karli saari (hiljem kogu poolsaart) kasutati militaarotstarbel kuni Nõukogude okupatsiooni lõpuni. Esimesed sõjalised kaitsekindlustused rajati Väike-Karli saarele juba 1727. aastal.