Mustavuori kuulub riiklikku lehtpuusalude kaitseprogrammi ja Euroopa Liidu Natura 2000 looduskaitsealade võrgustikku.

Mustavuori lehtmetsa alustaimestik on väga mitmekesine, kuna sealses aluspõhjakivimis leidub rohkesti nõudlikele taimedele kasulikke mineraale. Ka on kindlustuste rajamisega seotud kaevamised soodustanud lubja ja toiteelementide lahustumist. Mustavuori keskel asuval kaljumäel on Esimese maailmasõja ajast pärit kaevikud ja kolm suurt kaevandatud koobast.

”Minu jaoks on Mustavuori koht, kus kevaditi haruldasi lilli imetleda, suviti mõnus jalgrattaga metsa vahel sõita, sügiseti seenel käia ja talviti heal rajal suusatada.”

Sinikka, 51

Mustavuori saludes laulavad mets-lehelinnud, käosulased ja mustpea-põõsalinnud. Ka väike-kärbsenäpp, laanepüü ja teder naudivad elu looduses, mis saab rahus areneda oma loomulikus olekus. Sellistes metsades leidub ka rohkesti mahalangenud pehkinud puid, mis on muu hulgas sobivaks elukeskkonnaks torikulistele, mida võib siin leida rohkesti erinevaid liike, nende seas ka haruldasi liike nagu valkjas laipoorik ja haavakorgik.