На протяжении многих десятилетий полуостров с большим количеством военных объектов и разнообразным природным ландшафтом был закрытой для посещения зоной. В результате ценная природа на Пальяссааре сохранилась в относительно нетронутом виде, здесь образовался уникальный орнитологический заповедник.

Еще столетие назад на месте большей части нынешнего полуострова Пальяссааре находилось два острова, которые назывались Большой Карлос и Малый Карлос. До окончания советской оккупации эти острова (а впоследствии и весь полуостров) использовались в военных целях.