В старину жизнь острова Аэгна находилась под влиянием пролегавших поблизости морских торговых путей, с которыми были связаны важные в V-XI веках центры – Ируское городище с расположенным в устье реки Пирита портом, а затем и городище Тоомпеа. Остров Аэгна, носивший в те времена название Вулвесёэ, был включен в границы города Таллинна уже в 1265 году. Помимо леса город заготавливал на Аэгна рыбу и сено. В 1297 году король Дании Эрик VI Менвед запретил вырубку леса на острове, причем для Таллиннского магистрата запрет на вырубку леса не действовал. Первые письменные сведения о постоянном поселении на Аэгна относятся ко второй половине XV века. Не исключено, что в то время был сооружен и один из самых посещаемых объектов острова – каменный лабиринт Ээрикнеэме. В 1912 году жителей Аэгна переселили на материк, поскольку остров стал морской оборонительной линией Морской крепости Императора Петра Великого. В 1914 году начались масштабные строительные работы. На северном побережье началось строительство 12-дюймовой береговой батареи № 1, расположенной неподалеку солдатской общей казармы-столовой (по сей день самое крупное здание на острове), на западном побережье построили береговую батарею № 2, на северо-западе острова – укрытие для прожектора батареи № 1, и на северном побережье – батарею № 3. На острове была также построена узкоколейная железная дорога протяженностью 3 км. Большинство построек морской крепости было уничтожено при отступлении российской армии во время Первой мировой войны. После Освободительной войны на Аэгна располагалось крупнейшее подразделение морской крепости Эстонии, для чего на острове даже возвели начальную школу для детей офицеров, а в 1922 году в западной части острова было построено офицерское казино. В конце 1950-х годов остров был вновь открыт для посещения, а в 1961 году морское пароходство наладило с городом регулярное судоходное сообщение.
