Vanhankaupunginlahden harvinaisin säännöllinen pesimälintu on sitruunavästäräkki (Motacilla citreola) (kuva). Tämä lintukosteikko on sitruunavästäräkin ainoa vakiintunut pesimäpaikka Suomessa. Se on itäinen laji, joka on vähitellen leviämässä länteen. Se on samantapainen lintu kuin niityillä ja soilla pesivä keltavästäräkki (Motacilla flava), joita myös pesii Vanhankaupunginlahdella.
Keltavästäräkki- ja sitruunavästäräkkikoiraat erottaa siitä, että sitruunavästäräkillä myös pää on vatsan lisäksi keltainen. Kiikarinkantajille sitruunavästäräkin saapuminen vapun aikaan on yksi Vanhankaupunginlahden keväisiä merkkipäiviä. Vuonna 2016 sitruunavästäräkki pesi pitkospuureitin varrella. Muulloin pesä on ollut Lammassaaren lehmälaitumella.