Pikkusieppo seuraa hyönteisiä väijyntäpaikalta nousten, lentää vilkkaasti lehvistön läpi, siivet ja pyrstö hieman nykien. Pysähtyessä liikuttaa usein pyrstöä ja nostaa siipiä.
Naaras rakentaa pesän yksin. Pesä rakennetaan sopivaan puun onkaloon tai oksien väliin. Pesämateriaalina on käytettyyleensä vihersammalta, mutta myös kuivia lehtiä, ruokoja ja kasvivillaa. Rauhoitettu laji (III suojelukategoria virolainen luokitus).