Tallinnassa esiintyy eniten vanhoja puita juuri vanhassa kaupungissa, jossa ne kasvavat vanhoissa bastionilinnoituksissa, kirkkojen luona ja pihoilla. Tallinnan vanhin puu, Kelchin lehmus (1680), kasvaa Nigulisten kirkon vieressä.
Tallinnan vanhassa kaupungissa voi nähdä kolme suojeltua geologista paljastumaa: Nunne-kadun paljastuma, Patkulin portaikon paljastuma ja Toompean paljastuma, jossa voi seurata mannerjäätikön painon alla syntyneitä murtohalkeamia. Toompean rinteeseen on rakennettu Lasnamäen muodostuman hiekkakivestä tukimuuri, josta näkyvät saman muodostuman kallionkielekkeet.