Aegnan saarella on Viron tihein kivikko Lemmikun niemellä, jossa sijaitsee myös saaren suurin siirtolohkare, Tulekivi (ympärysmitta 35 m). Lemmikun niemellä kasvavat eliöyhteisöt ovat hyvin herkkiä. Aegnaa peittää pääasiassa metsä, jota on saarella useaa tyyppiä. Hiekkaisella pinnalla kasvaa männikköä, saaren keskiosassa on kuivattuja suometsiä ja sekametsiä (palumetsad).
Aegnan 10 km pitkällä rantaviivalla on mahdollista nähdä yli kymmenen erilaista rantatyyppiä kuten erilaisia hiekka, sora-soraikko- ja moreenirantoja. Jännittävä nähtävyys on Eerikneemellä sijaitseva kivilabyrintti, joka on rakennettu todennäköisesti 1100–1400-luvuilla.