Merisinappi kasvaa 5–60 senttimetrin, useimmiten 15–30 senttimetrin korkuiseksi. Kasvilla on kiiltävät paksut lehdet ja pienet valkoiset ja vaaleanvioletit kukat neljällä terälehdellä.
Merisinappi kukkii heinäkuusta lokakuuhun. Kasvia pölyttävät hyönteiset, mutta sen on todettu olevan myös itsepölyttyvä. Kasvin hedelmä on ruskea, korkkimainen, noin 2 cm pitkä ja 5 cm leveä palko. Se kelluu hyvin ja leviää pääasiassa veden kautta.