Рельеф, характерный для Нымме и Мустамяэ, формировался на протяжении последних 12 000 лет, когда во время последних восходящих тектонических движений материкового льда образовался резкий склон Мустамяги высотой 30 метров. В дельте ледниковой реки сформировались пески Нымме и Мяннику. Сто лет назад территория нынешних районов Нымме и Мустамяэ была покрыта лесом, принадлежавшим мызе Яльгимяэ, который, если смотреть со стороны города Таллинна, казался синим. Именно поэтому в те времена Мустамяэ (рус. Черная гора) назывался Синими горами. В 1870 году сквозь лес была проложена железная дорога Таллинн–Палдиски, на седьмой версте которой имелся остановочный пункт, где сходили горожане, желавшие отдохнуть на лоне природы. Остановка получила название «Нымме» в честь корчмы «Нымме», располагавшейся неподалеку. Помещик мызы Яльгимяэ Николай фон Глен возвел рядом с железнодорожной остановкой свою летнюю резиденцию – замок, строительство которого было завершено в 1886 году. Вскоре местечко Нымме, куда горожане выезжали на пикники, получило статус поселка, который в 1940 году был присоединен к городу Таллинну. Новый район Мустамяэ был построен в 1960-х годах на дюнной равнине и создавался в соответствии с типовыми проектами, объединявшимися в похожие друг на друга микрорайоны.
