Пяэскюлаское болото сформировалось в конце ледникового периода в результате таяния ледникового клифа и возникшего в песках озера. Толщина слоя торфа в наши дни составляет порядка 2,5 м. Начиная с XIX века в болоте были проложены осушительные канавы, когда вместо болота здесь обустраивали сенокос. На болоте Пяэскюла также остались следы строительных работ по возведению Морской крепости Императора Петра Великого, когда в 1913–1918 годах через болото с востока на запад было проложено железнодорожное полотно. Железнодорожная насыпь соединяла на востоке склады боеприпасов в Мяннику с расположенными на западном краю болота укреплениями. В первой половине ХХ века на болоте были проведены осушительные работы в целях добычи торфа, участок занимал примерно 10 гектаров болота в его северо-западной части. Добыча торфа была прекращена в 1950-х годах, после чего туда стали свозить мусор. В 1974 году была официально открыта свалка Пяэскюла. В 2003 году на свалку прекратили завозить мусор, окончательно свалка была закрыта в 2007 году. В 2002 году в болотистом лесу Пяэскюла разгорелся пожар, следы которого видны по сей день. В связи с обширными территориями растительности и большим природным разнообразием болото Пяэскюла в 2013 году было взято под охрану.