Maarjamäen kalliolla oleva alvari (= luontotyyppi, jossa on hyvin ohut kasvillisuuskerros) on sopiva kasvupaikka hyvin arvokkaille kasviyhteisöille, joihin kuuluvat useat harvinaiset kasvilajit. Arvokkaiden elinympäristöjen, kuten alvari ja kallio, lisäksi täällä on myös kallion alla oleva metsä. Törmämetsä on suhteellisen nuori, vanhimpien puiden ikä on n. 100 vuotta.
Maarjamäen kalkkitörmä Tallinnassa on Pohjois-Viron kallion korkein ja parhaiten nähtävissä oleva osa. Huomattavin osa kalkkitörmää on Suhkrumäen paljastuma. Vakiintuneella korkealla penkereellä voi nähdä kambri- ja ordovikikauden kivien ilmeikkäitä paljastumia. Penkereen suhteellinen korkeus on enintään 30 m, absoluuttinen korkeus 47 m.
