Sen elinpaikkoja ovat pääasiassa puistot ja lehtimetsät, mutta sitä voidaan tavata lentämässä myös talojen ympärillä ja vesistöjen läheisyydessä, 3…5 metrin korkeudessa. Vaivaislepakko lentää puiden latvojen korkeudella, sen lento on rauhallista ja hidasta. Usein se lentää aivan suoraviivaisesti teiden ja ahojen päällä ravinnoksi sopivia pienempiä hyönteisiä – sääskiä, mäkäräisiä ja perhosia – etsien.
Vaivaislepakon yöelämä alkaa auringonlaskun jälkeen. 20…30 minuuttia kestäneen metsästyksen jälkeen ne palaavat suojapaikkaan lähteäkseen uudelleen aamuyöstä metsästämään. Päivällä lepakot etsivät suojaa puun onkaloista, talojen katoksista, usein myös ikkunaluukkujen takaa.
Naaraslepakot kerääntyvät ennen poikimiskautta yhteisöiksi, yleensä johonkin puun onkaloon Lepakkokoiraat viettävät sen ajan yksin tai pienissä ryhmissä. Lepakkoja uhkaavat hyönteisten torjuntaan käytettävät kemikaalit.
Vaivaislepakko on rauhoitettu laji (II suojelukategoria virolainen luokitus).
Virossa on rekisteröity yli 65 lajia nisäkkäitä, niiden joukossa on 14 lepakkolajia. Virossa on lepakoita n. 500 000 yksilöä. Niiden merkittävimmät elinalueet Tallinnassa ovat Kadriorgin puisto, Piritan jokilaakso, Rakun järvet, Ülemistejärven ympäristö, Astangu ja Rocca al Mare.