Vaivaishiiren karvapeite on ruskea. Ruskeaa ennen kaikkea selässä ja rinnassa, vatsapuoli on vaaleampi.
Vaivaishiiri rakentaa heinäpesänsä melkein aina maanpinnasta vähintään metrin korkeudelle. Pesä on munanmuotoinen ja noin ison greipin kokoinen.
Virossa tätä eläintä voi tavata melkein kaikkialla kulttuuriypäristöissä, niityillä ja rämeiden reunoilla. Vaivaishiiren ravinto on sekä eläin- että kasviperäistä. Se syö ravinnokseen kasvien siemeniä, pehmeitä osia, nuppuja, kukkia ja hedelmiä.
Vaivaishiiri pystyy pääsemään monilta vihollisiltaan karkuun kiipeämällä, mutta koska se on niin pieni. Sillä on hyvästä piiloutumiskyvystään huolimatta runsaasti vihollisia.