Lehvistössä on vaikea havaita mustapääkerttua, se tunnistetaan usein sointuvan laulun perusteella. Lintu viihtyy tiheissä ja rehevissä lehtimetsissä, mutta pesii myös kuusi-sekametsissä, kaupunkipuistossa jne.
Pesä on hyvin vahva ja tiheä. Pesä saattaa joskus roikkua oksien välissä kuin riippumatto. Syö ravinnokseen hyönteisiä. Syö loppukesällä myös marjoja, jotka se nielaisee kokonaisina. On huomattava, että myrkylliset marjat eivät vahingoita lintua.